ان قسم الميكروبيولوجيا الطبية والمناعة بكلية الطب البشرى جامعة الزقازيق يجعل من اهم اهدافه ان يتعرف طلاب الفرقة الثالثة بالنظام التقليدي والفرق الثلاث الاولي بالنظام التكاملي بالكلية علي الكائنات الدقيقة التي يمكن ان تسبب العدوي للإنسان مثل البكتريا والفيروسات والفطريات ومعرفة طريقة التشخيص المعملي لها كما يهتم بدراسة علم المناعة الطبية ويعتبر هذا من العلوم الاساسية لدراسة العلوم الطبية الإكلينيكية في السنوات التالية بالكلية. كما يمنح القسم درجات الماجستير والدكتوراة في الميكروبيولوجي والمناعة الطبية ودرجة الماجستير في مكافحة العدوي. بالإضافة الي ما سبق تقدم وحدة الحساسية والمناعة التابعة للقسم بجامعة الزقازيق خدمات التشخيص والعلاج والمتابعة لمرضي الحساسية بأنواعها المختلفة.